一、依替代役役男保險及醫療實施辦法第12條及替代役役男就醫醫療費用補助作業規定，一般及研發役第1、2階段役男於服役期間傷病赴國軍醫療院所以外之全民健康保險醫事服務機構就醫，其依全民健康保險法規規定，應自行負擔之醫療費用，內政部已全額預撥健保署轉付役男就醫之全民健康保險特約醫事服務機構。
二、役男赴全民健保特約醫事服務機構就醫時，須出示「替代役役男身分證」或「研發替代役役男身分證」等證明文件，方可免付健保部分負擔費用及享有役男優免。如未攜帶前開證件，請於10日內（收據日期起）或出院前補證，否則醫院無法退費，役男須自行負擔費用。